战国秦汉之际，《诗经》的不同的传本之间，还存在许多细部的差异，其中最重要的就是诗篇的编次。从《汉石经》来看，三家《诗》与《毛诗》在二《雅》内部的篇次颇有不同。汉唐间学者所注意到的《小雅》无“厉王诗”疑问也属编次问题。郑玄称《十月之交》《雨无正》《小旻》《小宛》四首诗属刺厉王之作，本在《六月》之前，汉代初年，毛公移其篇第，《毛诗》中遂无刺厉王诗。据《汉书·谷永传》及颜师古注引《鲁诗》，知三家《诗》中《十月之交》四篇确属刺厉王之作，在《六月》之前。《十月之交》有日月交迭而食的句子，一月之内连续出现的日食和月食，且能够同时被观测到的几率并不高，依据当代天文知识，可以判断此诗中日月食交迭出现的天象发生在周幽王六年十月。诗中所述又与《国语·周语》“幽王二年，西周三川皆震”“三川竭，岐山崩”的记载一致。故《十月之交》为幽王时期的诗几无疑义。如此看来，反倒是三家《诗》改动了《小雅》诗次，使得《小雅》中有厉王时代的诗。
这是否说明《毛诗》保留了战国时代《诗经》文本的原始编次呢?《毛诗序》与《毛诗》经文之间的差异则否定了这种可能。《六月序》综述《小雅》前22首诗的顺序与《毛诗》的编次不同。《六月序》中，《华黍》之下先后为《由庚》《南有嘉鱼》《崇丘》《南山有台》《由仪》，而《毛诗》则是《南有嘉鱼》《南山有台》《由庚》《崇丘》《由仪》。据郑玄《毛诗笺》，《诗序》与《毛诗》本为两编，汉初毛公将其合并，置序于每篇之首。郑玄明确说《毛诗》《华黍》以下非孔子之旧，当为毛公改动，而《六月序》则未经毛公改动，故《序》《传》诗次之不同得以浮现。这些不同的诗篇编纂顺序中，都暗含了对《诗经》的整体性理解。三家《诗》对《小雅》诗篇次序的调整就反映了三家对雅诗“历史的完整性”的追求。《毛诗序》雅诗的次序，则与周代的礼乐演出相近。
除了《序》《传》的不同外，《毛传》字词训诂的先后次序与经文篇目顺序也不一致，《国风》中的很多词汇，需要在《小雅》或《大雅》的《毛传》里寻找解释。这部分训诂的失序，说明《雅》《颂》的训诂很可能早于十五《国风》。这恐怕与二《雅》的经典化较早有关。《左传》所载春秋时代人引《诗》本以二《雅》为主。《尔雅·释诂》一篇所录古字，与二《雅》相关者200条左右，与《周颂》相关者50条左右，而与十五《国风》相关者不足90条。故最早对《诗》作注，应该开始于《雅》和《颂》。
今本《风》《雅》《颂》次序已见于季札论《诗》，故三百篇的文本大局也当由孔子论定。其后的学者又依据《春秋》精神，建立了《孟子》《毛诗序》中的历史主义解释方法，移置《豳风》于《风》《雅》之间。这大概是《诗经》文本至战国初年所发生的最具革命意义的两次编纂。
至汉初，《毛诗》的经文、传文和序文，依然各自保存了一些古老的训诂、编纂和诠释的信息。这是大、小毛公非常重要的贡献，同时也提醒我们，不能完全把《毛诗诂训传》当成西汉初年的文献来看待。此后，《毛诗》的古文写法经隶定而失传。汉唐间又经过数次经文的正字，至唐《开成石经》，除个别避讳字外，《毛诗》经文字形最终确立。后唐长兴三年(932)，以《唐石经》为本的九经三传开雕，这一版本即后世诸经的祖本。故知宋刻以来的九经三传非汉代的经传，以宋刻本系统为基础来勘对古籍之时，古籍与出土文献之间的文字异同，需要特别谨慎。
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